Santo Amaro foi um município independente até ser incorporado por São Paulo em 1935. Até 1940, administrar a região não era uma tarefa difícil. Mesmo com uma área grande, sua taxa de crescimento era baixa e seus problemas estavam bem distantes dos enfrentados pelos centros urbanos. Mas a calmaria chegaria ao fim com a construção de pontes sobre o Rio Pinheiros.
A facilidade de acesso despertou o interesse de empresários e loteadores, que passaram a ocupar antigas chácaras e a desalojar os tradicionais grupos de imigrantes, dando início ao crescimento desenfreado e desordenado da região, cujo ritmo gerou contrastes socioeconômicos e problemas de infraestrutura.
Santo Amaro chegou a ser o maior polo industrial de São Paulo, hoje é o segundo, até não ter mais para onde crescer. Com isso, toda a região e seu entorno viraram um grande atrativo para o mercado de trabalho, constituído principalmente de migrantes nordestinos a partir da década de 50, que também intensificaram o comércio no bairro. Atualmente é o mais importante centro da região sul e abriga um dos maiores pontos de comércio popular, o Largo 13 de Maio.
Semelhante ao que acontece no Morumbi, o bairro possui de um lado condomínios de alto luxo e, de outro, grandes bolsões de pobreza, como a favela Jurubatuba. Isso explica o IDH muito elevado (0,943), maior que os índices de países desenvolvidos como Suíça e Austrália. Um dado curioso é que Santo Amaro possuía um movimento separatista, que vira e mexe pedia a emancipação da região. Em 1985, chegou a ser feito um plebiscito e, em 1989, houve a tentativa de incluir uma emenda na Constituição para que o bairro retomasse sua autonomia.
O primeiro registro de ocupação da região era uma aldeia indígena, “a missão do Ibirapuera”, às margens do Rio Jurubatuba, rebatizado de Pinheiros. O surgimento do povoado teve início em 1552, a partir da doação da imagem de Santo Amaro para ser colocada na capela local nas terras de João Paes e sua mulher, Suzana Rodrigues. No mesmo ano, o padre José de Anchieta rezou a primeira missa ali, onde hoje fica a Igreja Matriz, no Largo 13 de Maio. A região de Santo Amaro foi elevada a paróquia em 1680 e transformada em freguesia em 1686.
Em 1908, foi concluída a construção da represa do Guarapiranga, obra importante para o desenvolvimento da região de Santo Amaro. Não demorou muito para a represa virar um ponto turístico na cidade, muito procurada para lazer, devido a suas praias, parques, pesca amadora e esportes, concentrando vários clubes de iatismo em sua margens.
Em Santo Amaro, nasceu o bandeirante Manuel Borba Gato e, em sua homenagem, foi erguida nos anos 60 uma gigantesca estátua de mais de dez metros de altura e 20 toneladas. O monumento dividiu opiniões. Há os que o aprovam e há os que o declaram de mau gosto. Divergências à parte, o Borba Gato tornou-se um reconhecido cartão-postal da cidade, imediatamente associado ao bairro de Santo Amaro.
