Ao efetuar sua inscrição, o estudante poderá escolher até três opções de curso e instituição. As inscrições serão feitas exclusivamente pela internet, no site do programa. Para inscrever-se, os candidatos deverão informar seu número de inscrição e senha no Enem 2010 e o CPF.
Segundo o Ministério da Educação (MEC), os candidatos que se inscreveram na primeira etapa e não foram pré-selecionados, ou aqueles que foram pré-selecionados para cursos em que não houve formação de turma, poderão candidatar-se novamente às bolsas. Os estudantes que não se inscreveram na primeira etapa também terão nova oportunidade de inscrever-se.
A primeira chamada aos pré-selecionados nesta segunda etapa será divulgada no domingo (27). A comprovação dos documentos necessários deverá ser feita até 4 de março. No caso de ainda existirem bolsas disponíveis, será feita uma segunda chamada no dia 13 de março. O cronograma completo do processo seletivo está disponível no sítio do ProUni.