No segundo tempo, os times continuaram pouco criativos, principalmente o Santos, com Madson e Molina praticamente invisíveis. Jogando contra o ex-clube pela primeira vez desde seu retorno ao Botafogo, Lúcio Flávio foi outro que mal foi notado em campo.
Gols no fim
Apesar de não jogar bem, o Botafogo teve mais vontade e conseguiu marcar nos minutos finais. Aos 38, depois de uma troca de passes no ataque, Thiaguinho ajeitou a bola quase na linha da área para o chute preciso de Batista, no canto direito de Fábio Costa.
Mostrando oportunismo, Laio marcou o segundo. Aos 42, depois de um chutão para frente, Fabão tentou cortar de cabeça, mas não conseguiu e acabou ajeitando para o botafoguense, que driblou Fábio Costa e tocou para o gol vazio, sacramentando a primeira vitória do Botafogo neste Brasileirão.