A faxina nas 23 superintendências do Dnit não foi feita. Desde o escândalo nos Transportes, no início de julho, apenas Nilton de Britto saiu da superintendência de Mato Grosso. Mesmo assim, por vontade própria.
Ligado ao ex-diretor-geral do Dnit Luiz Antonio Pagot, Britto entregou o cargo alegando não ter mais clima para permanecer à frente da autarquia. De acordo com informações da assessoria do Dnit, o novo diretor-geral do órgão, general Jorge Fraxe, determinou aos superintendentes que, em vez de ficarem em seus gabinetes, nas capitais dos Estados, comecem a circular por onde há obras da autarquia. Ele quer relatórios do que os superintendentes estão vendo, e não do que ouviram falar. A superintendência de Mato Grosso continua vaga desde a saída de Britto.
Em julho, logo após a limpeza no Ministério dos Transportes e as substituições dos cargos vagos na cúpula do setor, o governo informou que iniciaria a troca dos superintendentes estaduais, quase todos fruto de nomeações políticas. Das 23 superintendências, 15 registravam problemas como denúncias de corrupção, superfaturamento de obras, fraude em licitações e tráfico de influência.
As denúncias mais graves atingem Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Paraná, Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul. Todos são alvo de investigações no Tribunal de Contas da União (TCU), Ministério Público, Controladoria-Geral da União (CGU) e Polícia Federal.
Logo que assumiu o cargo, no lugar de Alfredo Nascimento, o ministro dos Transportes, Paulo Sérgio Passos, afirmou que faria ajustes nas superintendências estaduais do Dnit. Informou, porém, que trataria do caso numa segunda fase, após preencher os cargos de direção vagos na pasta e na estatal. Passos informou, na época, que a escolha dos novos superintendentes seria discutida com o diretor-geral do órgão, antes de ser submetida à presidente Dilma Rousseff.