O deputado federal Rubens Bueno (PPS-SP) já havia denunciado o esquema investigado pela Operação Carne Fraca em 2012. À época, Rubens Bueno pediu que o então ministro da Agricultura, Mendes Ribeiro Filho, abrisse processo administrativo para investigar as suspeitas de perseguição a fiscais.
Em requerimento de informação, protocolado na Mesa Diretora da Câmara, o parlamentar indagou o que o Ministério estaria fazendo para apurar os fatos narrados em correspondência encaminhada pelo Sindicato Nacional dos Fiscais Federais Agropecuários (ANFFA Sindical) à Liderança do PPS na Casa.
Denúncia recebida à época trazia os "desmandos e perseguições" a servidores praticados pelo superintendente Daniel Gonçalves Filho. "Os relatos são estarrecedores e exigem da parte do Ministério ação imediata para que a normalidade seja instaurada para o bem dos servidores deste importante órgão e do estado do Paraná", afirmou Bueno no pedido de informação em 2012.
Daniel Gonçanves, que é ex-superintendente regional do Mapa, é acusado de comandar o esquema que vendia carne vencida no Brasil e no exterior.